Nadbiskupski duhovni stol u Zagrebu razmišljao je o podizanju nove crkve, primjerene pastoralnim potrebama župe. Kako izgradnja nije započela prije 1997., tj. prije osnutka Požeške biskupije, pitanje rekonstrukcije staroga zdanja postavilo se u novim crkvenim okolnostima. S obzirom na povijesna, narodna, vjerska i kulturna stradanja na prostorima središnje Hrvatske, nije se smjelo dopustiti da voćinska crkva i župa olako nestanu, kako su to odredili njezini rušitelji. Osim toga, broj vjernika u župi i proglašenje Voćina središnjim marijanskim svetištem Požeške biskupije, išli su u prilog obnovi razorene župne crkve i Svetišta. Utvrđeno je također da je prof. Sena Sekulić Gvozdanović s Arhitektonskoga fakulteta u Zagrebu, izradila njezin detaljni arhitektonski snimak u vrijeme uređenja crkve nakon II. svjetskog rata, te da postoje i drugi arhite
ktonski nacrti crkve, što je razriješilo dvojbu o mogućnosti njezine rekonstrukcije. Obavljeni su razgovori s tadašnjim ministrom kulture Božom Biškupićem, a potom je biskup Antun Škvorčević donio odluku da se pristupi rekonstrukciji stare voćinske crkve kako bi se spasio jedan od najznačajnijih spomenika sakralne baštine u ovom dijelu Hrvatske i na taj način odao spomen svim nedužnim voćinskim žrtvama i poginulim braniteljima Republike Hrvatske.
Započeo je dug i mukotrpan posao pod vodstvom Biskupijskoga odbora za izgradnju Svetišta Majke Božje u Voćinu, a utemeljio ga je 1999. biskup Škvorčević na čelu s msgr. Josipom Devčićem, dok mu je tajnikom bio voćinski župnik Željko Strnak, potom Mladen Štivin. Njegov je rad pratilo stručno Povjerenstvo za obnovu crkve Blažene Djevice Marije u Voćinu, koje je iste godine osnovao ministar kulture Biškupić. Projektnu dokumentaciju za dobivanje lokacijske dozvole izradili su dr. Vladimir Bedenko i mr. Boris Vučić Šneperger iz Zavoda za graditeljsko naslijeđe Arhitektonskoga fakulteta u Zagrebu sa suradnicima, a Vučić Šneperger pratio je izgradnju crkve do njezina završetka. Budući da je srušena voćinska crkva kategorizirana kao potpuna ratna šteta, Ministarstvo obnove, odnosno, današnje Ministarstvo regionalne obnove, šumarstva i vodoprivrede, najvećim je dijelom financiralo projekt, uz znatan financijski doprinos Požeške biskupije, te njezinih vjernika, a Dioničko društvo Našicecement iz Našica darovalo je sav potreban cement za gradnju.
Temeljni kamen za crkvu blagoslovio je 1998. papa Ivan Pavao II. za pohoda Hrvatskoj, a svečano ga je 7. rujna 2002. položio biskup Škvorčević, uz sudjelovanje gradišćanskoga biskupa msgr. Paula Ibyja. Svečanosti je uz brojne vjernike nazočila i skupina gradišćanskih Hrvata koju je predvodio msgr. Egidije Živković, tada generalni tajnik Austrijske biskupske konferencije, a danas gradišćanski dijecezanski biskup. Vjerna rekonstrukcija crkve sa svim zahtjevnim pojedinostima tražila je puno strpljenja i umijeća, kako od arhitekta Vučića Šnepergera, tako i od izvođača radova, a napose od predsjednika Odbora Devčića.
Crkveni zvonik ubrzo je obnovljen pa su se 2004. oglasila četiri dobro ugođena crkvena zvona, dar kanonika Prvostolnoga kaptola zagrebačkoga Milana Balenovića, rodom iz susjedne Slatine. Konačno, dvadeset godina nakon razaranja, Voćin je 2011. dobio novo crkveno zdanje prema nacrtima nekadašnje stare crkve, a na ponos onih koji se nisu željeli odreći vlastite crkvene baštine, napose Marijinih hodočasnika.
O dvadesetoj obljetnici razaranja crkve, a potom i njezine ponovne izgradnje, biskup Škvorčević proglasio je Godinu Gospe Voćinske u razdoblju od 21. kolovoza 2010. do blagdana Male Gospe 2011., a pod geslom »Evo ti Majke«. Središnji događaj Godine Gospe Voćinske posveta je nove crkve, 14. kolovoza 2011., a središnja proslava ponovo izgrađenoga svetišta i postavljanja lika Gospe Voćinske je 21. kolovoza 2011.
